区水务局设6个股（室）：
（一）秘书股（区水库移民办公室）
负责文电、会务、机要等机关日常管理工作；协助局领导对各股室工作进行综合协调和督办；负责起草综合性文件、资料和重大会议的组织工作；负责文秘档案、政务信息、保密、保卫、信访、对外宣传、议案、提案办理等工作；负责局机关资产管理、自然灾害应急救援后勤保障和机关后勤服务；负责区水库移民遗留问题的办理与后续扶持工作。
（二）人事股（与监察室合署）
负责局机关及指导直属单位机构编制、组织、人事、劳动工资、思想教育、培训和工会、共青团、妇女、计划生育等工作；负责机关和指导直属单位老干部管理工作；负责干部考察工作，办理任免手续和水务系统专业技术职务的评聘工作；负责机关和指导直属单位的党务、纪检、监察工作。
（三）计划财务股
拟订水务发展中长期规划、年度计划；负责牵头编制水利综合规划；负责编制、监督、下达和检查水务建设年度实施计划；负责综合统计工作和财务管理工作；负责水务资金管理使用、工程建设管理的审计监督及绩效评价工作；协助各种政策性的收费工作；协助对水利工程可行性研究报告的立项、审核和申报工作；负责指导监督直属单位国有资产管理和财务工作；指导、监督直属单位的内审工作；负责机关财务工作；参与对建设项目的竣工验收。
（四）水政水资源股
负责水资源的规划、管理和保护工作；制订水资源中长期供求计划及水量分配计划；指导计划用水和节约用水工作；负责水资源的调查评价工作；审核水域的纳污能力，提出限制排污的意见；协助有关部门开展水环境整治；实施取水许可制度，协管水资源费的征收。负责城区并指导全区的供水规划以及供水行业的建设和管理工作；负责供水行业特许经营的具体管理工作；对供水工程的设计、招投标、施工、监理实施行业管理及指导；负责供水突发事件的应急管理工作；参与审核供水行业有关调价方案；会同有关股室管理供水建设资金，审核使用计划；负责区立项开发建设项目水土保持方案审批工作并监督实施，负责协调水土保持综合治理和水流域治理工作；负责水土保持补偿费征收工作；负责农村饮水安全工程建设管理工作。负责拟订规范性文件和法制建设规划；负责行政诉讼、行政复议和普法宣传教育工作；负责水政监察和水行政执法管理工作；负责对部门作出重大行政执法行为进行事前合法性审查；协调、处理水事纠纷、查处水事违法案件；协调跨区域的水行政执法。负责河道采砂许可审批工作；协管河道采砂管理费、河道管理范围占用费的征收工作。
（五）工程建设管理股
指导、监督和协调全区水库、山塘、江堤、海堤、水闸、河口滩涂开发及其水域的规划、建设和管理工作，负责灌区整治、排洪、排涝、节水灌溉、小型农田水利设施和江堤、海堤、水闸、河口滩涂开发等工程建设方案的初审上报或权限范围内的审批工作；监督水库、山塘、江堤、海堤、水闸、河口滩涂开发、涝区、灌区及小型农田水利工程等项目的设计、施工、监理、招投标等工作；监督水库、山塘、大坝水电站大坝工程的安全运行；指导中、小型水库控制运行计划；协同三防办公室编制水利工程防洪调度方案和水库汛期控制运用计划的下达；对水利工程的防洪安全实施管理和监督；协助做好堤围防护费等规费的征收；负责指导水利工程的白蚁防治工作；会同计划财务股编报水利工程年度计划。配合水政水资源股制订水土保持规划和调处水事纠纷；协助工程质监部门实施水务工程的质量监督，对竣工工程组织验收；指导小型水利工程技术管理工作及指导水利水电工程勘测设计室做好相关业务工作。
（六）农电股
负责水电工程、机电排灌工程的规划与建设、技术改造项目的初审或权限内的审批工作；贯彻电力法；指导各水电站的生产及安全生产管理工作；配合有关股、勘测设计室搞好水电工程新建、续建、扩建、改造工作；推广先进技术，指导发电单位的业务技术，协助做好职工技术培训工作；负责监督、指导区水务行业安全生产工作。
区人民政府防汛防旱防风指挥部办公室挂靠区水务局。主要职责：组织、协调、监督、指挥全区防汛防旱防风防冻工作，对重要江河湖泊和重要水利工程实施防汛抗旱调度和应急水量调度；负责全区水旱灾情发布，指导、监督重要江河和水库的抗洪抢险工作；负责编制全区防汛防旱防风防冻应急预案并组织实施；负责水利突发公共事件的应急管理工作；负责联系水文、气象工作。区人民政府防汛防旱防风指挥部办公室人员编制和领导职数另文核定。
区全面推进河长制办公室挂靠区水务局，作为区委、区政府的关于河长制议事协调的办事机构，承担区河长制领导小组的日常工作。
局直属事业单位
1、汕头市潮南区水政监察大队
2、区水利水电工程质量监督站
3、区水利工程建设管理服务中心
4、汕头市潮南区大龙溪水系工程管理处
5、汕头市潮南区秋风水系工程管理处
6、汕头市潮南区金溪水系工程管理处
7、汕头市潮南区红口輋水系工程管理处
8、汕头市潮南区红场水库工程管理处
